Restaurer la continuité écologique des cours d’eau : enjeux et solutions

Barrages, seuils, anciens moulins, buses sous les routes : les cours d’eau français sont fragmentés par des dizaines de milliers d’ouvrages. Restaurer leur continuité écologique, c’est permettre aux poissons de circuler et aux sédiments de transiter, deux conditions essentielles au bon état des rivières. Encore faut-il trouver, pour chaque ouvrage, la solution qui concilie enjeux écologiques, usages et patrimoine.

Qu’est-ce que la continuité écologique ?

La continuité écologique d’un cours d’eau désigne la libre circulation des espèces aquatiques et le bon déroulement du transport des sédiments. Elle a une dimension longitudinale, de l’amont vers l’aval, mais aussi latérale, avec les connexions entre le lit de la rivière, ses annexes, ses zones humides et sa plaine d’inondation.

Lorsqu’elle est interrompue, les conséquences sont multiples : les poissons migrateurs comme le saumon, la truite de mer ou l’anguille ne peuvent plus atteindre leurs zones de reproduction ou de croissance, les sédiments s’accumulent en amont des ouvrages et manquent en aval, ce qui provoque l’incision du lit et l’érosion des berges, et l’eau stagnante en amont se réchauffe et perd en qualité.

Le cadre réglementaire

La directive-cadre européenne sur l’eau de 2000 fixe un objectif de bon état écologique des masses d’eau, qui intègre le bon fonctionnement hydromorphologique des rivières. En France, la loi sur l’eau et les milieux aquatiques de 2006 a introduit un classement des cours d’eau, prévu à l’article L214-17 du Code de l’environnement :

• Liste 1 : aucun nouvel ouvrage faisant obstacle à la continuité écologique ne peut y être autorisé.
• Liste 2 : les ouvrages existants doivent être gérés, entretenus et équipés pour assurer le transport suffisant des sédiments et la circulation des poissons migrateurs, dans un délai de cinq ans après la publication de la liste.

Depuis la loi Climat et résilience de 2021, s’agissant des moulins à eau situés sur les cours d’eau de la liste 2, la mise en conformité passe exclusivement par l’entretien, la gestion et l’équipement des ouvrages, à l’exclusion de toute solution visant leur destruction.

Les solutions techniques

Il n’existe pas de solution universelle. Les options se répartissent selon un gradient, de la plus complète à la plus ciblée :

L’effacement ou l’arasement de l’ouvrage

Lorsque l’ouvrage n’a plus d’usage, sa suppression totale ou partielle restaure le plus efficacement la continuité, à la fois pour les poissons et pour les sédiments. Elle doit être étudiée avec soin : stabilité des berges et des bâtiments riverains, devenir des sédiments accumulés, évolution du niveau de la nappe et des usages en amont.

La gestion des ouvrages

L’ouverture des vannes à certaines périodes, notamment lors des crues et des migrations, peut suffire à améliorer sensiblement le transit sédimentaire et la circulation piscicole.

Les dispositifs de franchissement

Quand l’ouvrage est maintenu, des équipements permettent aux poissons de le franchir :

• les passes à bassins successifs, qui fractionnent la chute en petites marches ;
• les rampes en enrochements, plus rustiques et franchissables par un grand nombre d’espèces ;
• les rivières de contournement, qui recréent un bras naturel autour de l’obstacle ;
• les passes spécifiques à l’anguille, qui progresse en rampant ;
• pour la dévalaison, des grilles fines et des exutoires qui évitent le passage des poissons dans les turbines.

La restauration hydromorphologique

Au-delà des ouvrages, de nombreux cours d’eau ont été rectifiés, recalibrés ou endigués. Le reméandrage, la recharge en granulats, la diversification des écoulements, la reconnexion des annexes hydrauliques et la restauration de la végétation des berges permettent de leur redonner un fonctionnement plus naturel.

La méthode d’un projet de restauration

1. Le diagnostic : relevés topographiques, analyse hydromorphologique, inventaires écologiques, état des ouvrages, recensement des usages et du patrimoine.
2. La modélisation hydraulique : elle permet de simuler les effets de chaque scénario sur les niveaux d’eau, les vitesses et le risque d’inondation.
3. La comparaison des scénarios : selon des critères écologiques, techniques, économiques, patrimoniaux et sociaux, en concertation avec les propriétaires, les riverains, la collectivité compétente en gestion des milieux aquatiques et prévention des inondations, et les services de l’État.
4. La conception et les dossiers réglementaires : avant-projet, projet, puis dossier au titre de la loi sur l’eau. Les travaux ayant uniquement pour objet la restauration des fonctionnalités naturelles des milieux aquatiques bénéficient d’une rubrique spécifique de la nomenclature, la rubrique 3.3.5.0, soumise à déclaration.
5. Les travaux et le suivi : la maîtrise d’œuvre garantit la bonne exécution, et un suivi sur plusieurs années mesure les bénéfices pour le milieu.

La restauration des milieux aquatiques est au cœur des expertises d’IDRA Environnement : diagnostics, modélisation, plan d’actions et maîtrise d’œuvre pour concevoir des solutions durables qui concilient enjeux environnementaux et usages hydrauliques.

Questions fréquentes

Qui doit financer la mise en conformité d’un ouvrage ?

L’obligation pèse sur le propriétaire ou l’exploitant de l’ouvrage. Les agences de l’eau, et parfois les collectivités, apportent des aides importantes pour les études et les travaux, en particulier lorsque la solution retenue présente un fort gain écologique.

Un moulin peut-il être conservé ?

Oui. De nombreuses solutions permettent de conserver un moulin tout en restaurant la continuité : gestion des vannes, passe à poissons, rivière de contournement. Pour les moulins situés sur les cours d’eau de la liste 2, la loi exclut d’ailleurs toute solution visant leur destruction.

Combien de temps dure un projet de restauration ?

Il faut souvent compter plusieurs années entre le lancement du diagnostic et la fin des travaux, en raison des études, de la concertation, des procédures réglementaires et des périodes de travaux limitées pour protéger la faune aquatique.